Действие игры происходит спустя тысячу лет после сюжета аниме. Наруто и его подвиги давно стали легендами, как и Пять Великих Деревень Шиноби. Осталось только три деревни ведущие войны между собой. В них живут потомки Героев. Биджу  уже давно ушли из этого мира, но шиноби научились их воссаздавать и заключать в особые, передовые отряды шиноби.
       
Деревня Неру

             Деревня Неру распосожена между руинами Конохи и Суны. Когдато для усиления и укрепления сначала Лист и Песок, а затум и все остальные деревни обьеденились и стали вместе оборонятся от врагов. Эта деревня в которой правят потомки Наруто, Саске, а также Гаары. Их потомки - Хичимо Узумаки, Айзен Учиха и Шанджи но Сабаку принимают решения на Совете Трех. Их решения строги, но справедливы. Эта деревня, единственная, где пытаются защитить мир от носителей запретных техник. В Неру люди первыми нашли способ воскрешать Героев. Но это воскрешение скорее память предков к которой могут обратиться старшие сыновья рода. По традиции они носят имена предков, и в глазах людей являются воскрешенными героями.

Деревня Езеру

                Эта деревня, скорее лагерь выросла на месте Ото, но на данный момент её место положение неизвестно. Как только шпионы принесли весть что Неру нашла способ воскрешать героев, медики тут же отправились к старому, сменившему не один десяток тел Орочимару. Змей тут же выразил желание участвовать в в борьбе лично и сейчас пополняет свои армии. Неизвестно точное количество людей которые подвластны проклятой печати, но, также оживший Кабуто утверждает что их количество превышает миллион. Все армии делятся на пять отрядов во главе которых стоит пятерка звука. Улицы этой деревни пронизаны безумием и жестокостью. Переулки города никогда не стихают от шума потасовок и боев за звание сильнейшего или просто продвижение по карьерной лестнице в глазах у их обезумевшего лидера.

Деревня Акацук

                                              Как только до главы, или как здесь называют по традиции Лидера Акацук дошли вести, что другие деревни нашли способ воскрешать Героев, то сразу открылись уцелевшие библиотеки, зашелестели пыльные страницы старинных томов, и вот Десять могил на центральной полощади города опустели. Организация Акацки снова возрадилась и готова к бою. Теперь они несомнеено сильнее. Потомки первых Акацук, и завоеванная ими деревня Дождя готовы и рвутся в бой как никогда. В деревне строгая иерархия и все войны разбиты на  десятки. Только сильнейшие могут получить право носить имя война, все стальные просто рабы и пушечное мясо. Единственным выжившим из старого поколения Акутск был Пейн, который в последний момент битвы с Наруто смог перенисти свое сознание в новое тело. После чего он выбрал этот путь как путь к бессмертию.

Организация Гин Бара (Серебряная Роза)
Ее основателем стал шиноби получивший прозвище Белый. Главная цель этой организации это внести гармонию и справедливость в этот мир. И этой цели они будут добиваться любой ценой. Хотя жизнь и ценна для них, но не жизнь безжалостного убийцы. Все члены организации покинули свои деревни, поклявшись в  верности друг другу. В  этой организации царит равноправие и дружба.

Как сложится судьба этого мира? Герои легенд воскресли, но теперь у каждого из них свой клан потомков, значит крови просьется гораздо больше. Какая деревня выйграет, воцарица мир, все прогнутся под жестокой тиранией, или все изменится в пользу когото четвертого? Решать Вам.

Сюжет несовершенен и подлежит доработке